工程中心实行学术委员会下的中心主任负责制。以工程中心下设学术委员会并以之为最高学术领导，学术委员会由国内外3D打印领域的专家、学者组成。学术委员会的主要职责：实施对工程中心的学术领导，审议决定工程中心的研究方向，决定学术方面的重大事宜，审定开放基金项目和其它课题，评估检查课题进展情况，组织学术交流、论文答辩和成果评审等。学术委员会一般每年召开一次全体会议。学术委员会休会期间，日常工作由工程中心主任主持。学术委员会设立中心负责人主任1名，科研带头人副主任5名，委员7人，学术总顾问2名。中心主任和副主任由学术委员会聘任，任期3年。工程中心实行主任负责制。中心主任对工程中心的日常学术活动和行政管理、梯队建设、资源管理等工程全面负责。中心副主任协助主任管理科研、学术各个方面的工作。

工程中心下设办公室，其主要职责是处理中心日常行政事物，负责科研项目实验室的管理。办公室设主任一名，由工程中心主任任命。工程中心下设若干研究室，研究室是研究中心的基层研究单位，其主要职责是编制年度研究工作计划，组织专职和客座研究人员开展科学研究和其他学术活动，管理并维护实验设施。研究室设正、副主任一名，由研究中心主任遴选任命。

广东省医学3D打印应用转化工程技术研究中心由南方医科大学联合南方医科大学南方医院、南方医科大学第三附属医院、佛山市安齿生物科技有限公司及广东汉邦激光科技有限公司共同建设。以南方医科大学为主要负责单位，建立3D打印创伤救治器械数字化研发平台、3D打印组织修复生物材料研发平台和3D打印创伤救治创新产品标准检测平台，开展数字医学3D打印系列研究，统筹中心建设及项目规划，培养、聚集相关专业的高层次工程技术人才和管理人才，为相关行业、企业提供工程技术人才培训；对接两家主要临床应用转化中心（南方医科大学第三附属医院及南方医院）实现临床转化，以达项目成果的转化及临床应用推广；联合佛山市安齿生物科技有限公司及广东汉邦激光科技有限公司实现产品产业化，为本行业相关企业、科研单位提供技术咨询、产品检测、质量监督及技术信息等服务，提升行业、领域的科技竞争力。

成员设置：黄文华教授担任中心主任，钟世镇院士、杜如虚院士任中心学术顾问。